以前に建っていた建物を取り壊し等で建物滅失した際に、建物滅失登記をしていなかったものだと思われます。
基本的には、建物の所有者またはその相続人などに建物滅失登記をお願いすることになります。
所有者が見つからない場合には、利害関係人である土地所有者などから建物滅失の申出をすることになります。
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相談事例006：自分の所有地の登記を調査したところ、全く知らない人の建物が登記簿上では、私の所有地の上にあることが判明しました。